Consulta mysql y exporta datos como CSV en PHP

Si desea escribir cada fila de MySQL en un archivo CSV, puede usar la función incorporada de PHP5 fputcsv

$result = mysqli_query($con, 'SELECT * FROM table');
$row = mysqli_fetch_array($result, MYSQLI_ASSOC);

$fp = fopen('file.csv', 'w');

foreach ($row as $val) {
    fputcsv($fp, $val);
}

fclose($fp);

Que debería devolver una cadena separada por comas para cada fila escrita en file.csv :

row1 val1, row1 val2
row2 val1, row2 val2 
etc..

También asegúrese de verificar los permisos para el directorio en el que está escribiendo.