Error de inicialización de la base de datos MySQL de Spring Boot con procedimientos almacenados

La respuesta resultó ser muy simple. Spring Boot tiene una propiedad de separador DataSource que se puede configurar en el archivo application.properties:

spring.datasource.separator=^;

Luego, en el archivo schema.sql todo ; las declaraciones que no están dentro del procedimiento almacenado deben actualizarse con el nuevo separador.

DROP PROCEDURE IF EXISTS `database`.FOO;
CREATE PROCEDURE `database`.FOO()

BEGIN
  SELECT * from `database`.employees;
END ^;