El marco de la entidad con las migraciones de la base de datos mysql falla al crear índices

Tuve el mismo problema, después de leer las publicaciones, decidí crear una clase heredada de MySqlMigrationSqlGenerator y anular protected override MigrationStatement Generate ( CreateIndexOperation op ) , luego, en la configuración de la migración, agrego:SetSqlGenerator ("MySql.Data.MySqlClient", new myMigrationSQLGenerator ( ));

este es el codigo de la clase:

public class myMigrationSQLGenerator : MySqlMigrationSqlGenerator
{
    private string TrimSchemaPrefix ( string table )
    {
        if ( table.StartsWith ( "dbo." ) )
            return table.Replace ( "dbo.", "" );
        return table;
    }

    protected override MigrationStatement Generate ( CreateIndexOperation op )
    {
        var u = new MigrationStatement ( );
        string unique = ( op.IsUnique ? "UNIQUE" : "" ), columns = "";
        foreach ( var col in op.Columns )
        {
            columns += ( $"`{col}` DESC{( op.Columns.IndexOf ( col ) < op.Columns.Count - 1 ? ", " : "" )}" );
        }
        u.Sql = $"CREATE {unique} INDEX `{op.Name}` ON `{TrimSchemaPrefix ( op.Table )}` ({columns}) USING BTREE";
        return u;
    }
}

y este es el código en Migrations\Configuration.cs :

    public Configuration ()
    {           
        AutomaticMigrationsEnabled = false;
        SetSqlGenerator ( "MySql.Data.MySqlClient", new myMigrationSQLGenerator ( ) );
    }

este trabajo para mí.