Debido a que está ejecutando Tomcat, imagino que la mejor manera de acceder a la base de datos sería escribir un servicio web que maneje la comunicación entre la aplicación y el servidor.
El servicio web se escribirá en Java para ejecutarse en TomCat usando JSP.
Supongo que está tratando de comunicarse directamente con la base de datos MySQL (es decir, ejecutar comandos SQL en la base de datos directamente), pero no creo que pueda hacer esto (aunque nunca lo intenté ni lo investigué), siempre he estado bajo la impresión de que necesita algún código en el servidor para sentarse en el medio.
