Puedes hacer esto:
mysqldump -u root -p -h <db-host> --opt <db-name> -d --single-transaction | sed 's/ AUTO_INCREMENT=[0-9]*\b//' > <filename>.sql
Como lo mencionaron otros, si desea sed para que funcione correctamente, agregue el g (para g reemplazo lobal) parámetro como este:
mysqldump -u root -p -h <db-host> --opt <db-name> -d --single-transaction | sed 's/ AUTO_INCREMENT=[0-9]*\b//g' > <filename>.sql
(esto solo funciona si tiene herramientas GUI instaladas:mysqldump --skip-auto-increment )
Nueva ACTUALIZACIÓN gracias a los comentarios.
El \b es inútil y, a veces, romperá el comando. Consulte este tema SO
para obtener explicaciones. Entonces, la respuesta optimizada sería:
mysqldump -u root -p -h <db-host> --opt <db-name> -d --single-transaction | sed 's/ AUTO_INCREMENT=[0-9]*//g' > <filename>.sql