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contar el número de variables nulas por fila mysql

Aquí hay una forma:

select id, ((var1 is null) + (var2 is null) + (var3 is null)) as var4
from table t;

MySQL trata los valores booleanos como enteros, siendo verdadero 1 y falso siendo 0 . Puedes simplemente sumarlos para obtener el total.

Como actualización:

update table t
    set var4 = ((var1 is null) + (var2 is null) + (var3 is null));

Como nota, MySQL no es compatible con ISNULL() . Eso es más una función de SQL Server. Pero de todos modos no es el estándar ANSI, por lo que generalmente es mejor usar coalesce() .