No.
La extensión MySQL y MySQLi son “controladores” que se encargan de la comunicación entre PHP y el servidor de base de datos MySQL;
ellos no cambiar el rango de comandos SQL que entiende el servidor MySQL.
Entonces, siempre que la capa de abstracción de la base de datos se encargue de qué funciones de PHP se usarán para qué propósito para usted (y un marco como CI ciertamente debería hacerlo), no hay nada de qué preocuparse con respecto a las consultas reales.
