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¿Cómo pedirle a javascript que espere a que mysql asigne valor a la variable php?

No debe preocuparse por esto porque primero se ejecuta el script del servidor, se toma su tiempo para comunicarse con la base de datos, asigna el msgLive variable un valor, y finalmente genera el HTML que se envía al cliente. Durante todo este tiempo el cliente espera (y probablemente maldiga a su ISP por la lentitud de la conexión que está experimentando :-)). Entonces, una vez que el HTML llegue al navegador del cliente, la variable javascript tendrá su valor establecido. Así que no es necesario decirle a javascript que espere, javascript ni siquiera existe hasta que el servidor termina su trabajo y envía el HTML al cliente.