Como está escrito en Debería mudarse de MyISAM a Innodb ? (que es bastante reciente):
Entonces, sobre la configuración de MySQL Innodb, el autor escribió en Innodb Conceptos básicos de optimización del rendimiento :
Solo para que conste, la gente detrás de mysqlperformanceblog.com realizó un benchmark comparando Falcon, MyISAM e InnoDB. Realmente se suponía que el punto de referencia destacaría a Falcon, excepto que fue InnoDB el que ganó el día, superando tanto a Falcon como a MyISAM en consultas por segundo para casi todas las pruebas:InnoDB vs MyISAM vs Falcon benchmarks – parte 1 .
