Según una de las respuestas a esto pregunta, su problema podría deberse a cambios en MySQL 5.6 (consulte las Notas de InnoDB en http://dev.mysql.com/doc/relnotes/mysql/5.6/en/noticias-5-6-20.html ):
¿Ayuda si cambia innodb_log_file_size? a algo más grande que 50M? (Cambiar esa variable necesita algunos pasos para que funcione correctamente:
