Mi problema se resolvió cuando agregué spring.datasource.separator=^;
en application.properties
y cada línea fuera del procedimiento/disparador debe terminar con ^;
Ejemplo de la siguiente manera:
DROP TRIGGER IF EXISTS Persons_log_update ^;
CREATE TRIGGER Persons_log_update
BEFORE UPDATE ON Persons
FOR EACH ROW
BEGIN
INSERT INTO Personshistory(PersonID,LastName,FirstName,Address,City)
values(OLD.PersonID,OLD.LastName,OLD.FirstName,OLD.Address,OLD.City);
END ^;