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la mejor manera de almacenar relaciones de usuario 1:1 en una base de datos relacional

Tendría una tabla de enlaces para amigos, o lo que sea, con 2 columnas, ambas PK y ambas FK para la tabla de usuarios.

Ambas columnas serían el UID y tendrías dos filas por relación de amistad (A,B y B,A). Siempre que ambas columnas sean PK, aún debe estar en formato normal (aunque otros pueden corregirme en esto)

Es una consulta un poco más compleja, pero nada que no pueda abstraerse mediante un procedimiento almacenado o alguna lógica empresarial, y está en formato normal, que suele ser bueno tener.