Cómo cambiar la intercalación a utf8_bin de una sola vez

Simplemente deberá ejecutar un ALTER en cada una de las tablas de la siguiente manera:

ALTER TABLE <table name> COLLATE utf8_general_ci;

Si también necesita actualizar la codificación de caracteres existente (poco probable por el sonido de las cosas), puede usar:

ALTER TABLE <table name> CONVERT TO CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci;