Las declaraciones DDL provocan una confirmación implícita y no hay nada que pueda hacer al respecto. No hay manera de detener este comportamiento.
Las declaraciones DDL que tienen este comportamiento cambian con el tiempo, por lo que debe verificar su versión.
5.1 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/implicit-commit.html
5.5 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/implicit-commit.html
5.6 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/implicit-commit.html
Cuando solo estamos extendiendo el esquema, nuevas tablas/columnas/vistas/proces/etc, eso no afectará el código existente, entonces la automatización está bien, solo verifique los errores y corríjalos.
Cuando afectarán el código existente, entonces debe diseñar una estrategia caso por caso. Dado que no hay reversión, necesita su propio plan de reversión y debe probarlo a fondo.
Dado que es caso por caso, no hay mucho que pueda ofrecer en forma de ayuda para su situación particular.
