Esto se debe a que el índice que creó también ocupa espacio. En el caso de un índice agrupado en InnoDB, los datos de fila en realidad se almacenan dentro de los nodos de hoja de índice, por lo que cuando se usa el índice, el índice no apunta a la fila, sino que apunta al nodo de hoja de índice que contiene los datos de fila a lo largo de con la PKEY.
Esto hizo que el almacenamiento fuera mucho más grande.
