No es necesario tener un índice FULLTEXT. MySQL tiene marcadores especiales para los límites de las palabras . Del Documento MySQL :
[[:<:]], [[:>:]]
Estos marcadores representan los límites de las palabras. Coinciden con el principio y el final de las palabras, respectivamente. Una palabra es una secuencia de caracteres de palabras que no está precedida ni seguida por caracteres de palabras. Un carácter de palabra es un carácter alfanumérico en la clase alnum o un guión bajo (_).
mysql> SELECT 'a word a' REGEXP '[[:<:]]word[[:>:]]'; -> 1
mysql> SELECT 'a xword a' REGEXP '[[:<:]]word[[:>:]]'; -> 0
