1064, Tiene un error en su sintaxis SQL;... Python MySQL

Los data el valor es una lista y está tratando de formatearlo en la consulta. Y, no utilice formato de cadena para insertar variables en una consulta - utilizar una parametrización de consulta adecuada en cambio:

cursor.execute("""
    UPDATE 
        tplinkus_rma.rma_order 
    SET 
        rma_num=%s 
    WHERE 
       order_id=%s""", (data[0], Id))

Observe cómo los parámetros de consulta se colocan en una tupla y se pasan como un argumento separado.