Como dice teresko, los nombres de MySQL distinguen entre mayúsculas y minúsculas en plataformas *NIX e insensibles en Windows. Si desarrolla un código que admita ambos (como lo hago yo), mezclar sus casos puede causar grandes dolores de cabeza:por ejemplo, volcar una base de datos en Windows y restaurarla en *NIX y todos sus casos se perderán. De hecho, tuvimos que modificar el código para detectar y corregir los casos en un basurero solo por este motivo.
Si no tiene Windows, realmente no importa lo que use, siempre y cuando lo mantenga consistente.