Podrías usar GROUP_CONCAT :
SELECT GROUP_CONCAT(`id`), `domain` FROM `gsort_linkdata` GROUP BY `domain`
(Tenga en cuenta group_concat_max_len .)
Pero debido a que no hay forma de pasar una matriz de MySQL a PHP, debe dividir la cadena resultante en PHP o JS, por lo que creo que su método actual es el mejor. Su método es seguro y realmente simple en PHP, cualquier otra cosa (incluido GROUP_CONCAT) es más complicada.
