Cómo ordenar esta consulta MySQL

Creo que quieres:

SELECT CONCAT(
    GROUP_CONCAT(
        'SELECT ''', COLUMN_NAME,''' MyColumns, SUM(`', COLUMN_NAME,'`) Total FROM mydb.source_table' 
        SEPARATOR '\n UNION ALL \n'
    ),
    '\nORDER BY Total DESC'
)
INTO @sql
FROM  INFORMATION_SCHEMA.COLUMNS
WHERE 
    TABLE_SCHEMA = 'mydb' 
    AND TABLE_NAME   = 'source_table'
    AND COLUMN_NAME NOT IN ('ID', 'Name');

Justificación:el ORDER BY la cláusula debe ir después todos UNION ALL subconsultas, por lo que debe estar fuera de GROUP_CONCAT() , en un CONCAT() externo .

También tenga en cuenta que no necesita CONCAT() dentro GROUP_CONCAT() :MySQL ya lo hace por defecto.