Si mysql_num_rows es igual a CERO NO funciona

Count devolverá un valor, y no puede contar y luego llamar a mysql_num_rows. Es uno de los otros.

Podrías hacer

$isExist = mysql_query("Select count(id) from ..."); 
$r = mysql_fetch_array($isExist);
if($r['COUNT(id)'] > 0){
//item exists
}else{
//item doesnt exist
}

Si alternativamente puedes hacer la consulta como:

$isexist = mysql_query("select * from wcddl_filehosts where downloadid = '".$download[id]."'");
if(mysql_num_rows($isExists)>0){
//we have items
}else{
//we dont have items
}