Probablemente solo necesite asegurarse de que la tabla de la base de datos en la que está almacenando datos esté configurada para almacenar en UTF-8, así como la página html que muestra los datos también debe configurarse explícitamente en codificación UTF-8.
La URL de su aplicación de ejemplo (seekphp.com/look/phpquery-jquery-port-to-php/1758) muestra (a través de firebug para firefox):
Response Headers
Date Sat, 14 Jan 2012 06:26:31 GMT
Server Apache/2.2.19 (Unix) mod_ssl/2.2.19 OpenSSL/0.9.8e-fips-rhel5 mod_auth_passthrough/2.1 mod_bwlimited/1.4 FrontPage/5.0.2.2635
X-Powered-By PHP/5.2.17
Keep-Alive timeout=5, max=100
Connection Keep-Alive
Transfer-Encoding chunked
Content-Type text/html
pero una salida codificada correctamente en UTF-8 mostrará que la última línea es
Content-Type text/html; charset=UTF-8
Puede codificar su HTML generando una metaetiqueta en la sección HEAD del documento:
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
o puede hacer que PHP configure esto en un encabezado:
header ('Content-type: text/html; charset=utf-8');
