Se necesita ayuda con la matriz PHP/MySQL

Te refieres a while($j<$i) allí.

Recuerda, incrementaste $i después el último inserto. Esto significa que $i será mayor que la clave máxima de $dish.

Algunos pensamientos:

Cada vez que esté probando la igualdad con nulo, debería considerar usar is_null (o !is_null). Es más preciso.

esto:

$dish[$i]=$row['dishes'];
$i++;

Sería mejor como:

// obviously instead of $i you would use count($dish) later (or use foreach)
$dish[]=$row['dishes']; 

Ese bucle while final sería mejor como foreach:

foreach($dish as $val)
{
    echo $val;
}