Me gusta sugerir el siguiente diseño (muy parecido al tuyo):
En primer lugar, tendremos tres mesas
USER -- UserId, other fields
COMPANY -- CompanyId, other fields
PHONE -- PhoneId, PhoneNumber
Luego tenga dos tablas para almacenar la relación
COMPANY_PHONE -- CompanyId, PhoneId
USER_PHONE -- UserId, PhoneId
