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¿Estoy subestimando MySQL?

No sabrá esto hasta que lo haya probado, así que comience a crear prototipos.

Por lo general, 500 000 filas es casi nada. Me preocupo un poco cuando mis tablas alcanzan los 50 millones, porque luego me toma un tiempo cuando tengo que purgar los datos antiguos, aunque la consulta de datos sigue siendo rápida.

Pero todo esto depende del tipo de consultas que necesite. Las consultas que abarcan todos esos 50 millones de filas serían muy lentas, las consultas que solo tocan 50k de esos 50 millones son rápidas. Y para su problema, necesita medir sus consultas, ajustar sus consultas, tablas/índices y mysql mismo.