MySQL generalmente reconstruye toda la tabla cuando agrega un índice, por lo que todos los existentes también se reconstruyen. Esto puede ser lento.
La única excepción es agregar un índice usando el complemento InnoDB, que no lo hace.
Hasta donde yo sé, siempre realiza un escaneo completo de la tabla cuando crea un índice, sin embargo, PODRÍA hacer un escaneo de índice si estuviera agregando un índice que tuviera las mismas (o un subconjunto) de columnas que otro índice. Dichos índices normalmente solo son útiles si las columnas están en un orden diferente.
Al utilizar stock mysql, cuantos más índices tenga, más lento será crear uno nuevo, ya que también reconstruye los índices existentes.
Con el complemento, creo que no hace ninguna diferencia.
De cualquier manera, si planea agregar varios índices, debe hacerlos todos a la vez, no uno a la vez.
