MySQL agrupa ciertos resultados en una matriz

No creo que MySQL pueda devolver una matriz a PHP, pero puede devolver una lista delimitada usando Función agregada GROUP_CONCAT. Prueba algo como:

SELECT user_id, firstname, lastname,
     GROUP_CONCAT(wp_usermeta.meta_value) as target_employer_id
FROM `wsat_ib` 
    LEFT JOIN wp_usermeta ON
        (wsat_ib.user_id = wp_usermeta.user_id
           AND wp_usermeta.meta_key = 'target_employer')
GROUP BY user_id, firstname, lastname

De forma predeterminada, debe obtener una lista de elementos separados por comas en target_employer_id . Puedes usar PHP explode función para convertir eso en una matriz en su lógica PHP.