Rellene los datos del grupo a una serie particular en Highcharts

Al ver su violín, el resultado esperado que desea para HighCharts es el siguiente:

1:Datos de categoría :

• Debería ser una serie de fechas.
• Asegúrese de eliminar los duplicados y ordenarlos en orden ascendente/descendente como desee, para ver un gráfico continuo.

"categories":["2019-02-07", "2019-02-08", "2019-02-09", "2019-02-12", "2019-02-13", "2019-02-14"]

2:Datos de la serie :

• Sería una matriz de objetos, donde cada objeto contiene dos propiedades name y data .
• Los datos deben tener n no de valores si sus categories matriz tiene n valores y cada uno corresponde al mismo índice.
• Como no tenemos datos para cada fecha para cada clase, agregaríamos 0 allí.

Entonces los datos se verían como

"series":[
      {
         "name":"class 1",
         "data":[45,0,166,78,0,0]
      },
      {
         "name":"class 2",
         "data":[0,64,0,64,627,0]
      },
      {
         "name":"class 3",
         "data":[0,0,0,0,87,352]
      }
   ]

Final Fiddle que se puede lograr con PHP usando el siguiente código:

$arrDates = [];
$arrClass = [];
$arrData  = [];

while ( $row = $query->fetch(PDO:: FETCH_ASSOC)) {
  $arrDates[] = $row['dates'];
  $arrClass[] = $row['class'];
  $arrData[$row['class'] . ':' . $row['dates']] = $row['marks']; // to identify for which date & class this marks belong to, we can directly search for index.
}

$arrDates = array_unique($arrDates);
sort($arrDates);
$arrClass = array_unique($arrClass);

// Create series data
$arrSeriesData = [];
foreach($arrClass as $strClass){
  $tempArr = ['name' =>  $strClass];
  foreach($arrDates as $strDate){
      $tempArr['data'][] = isset($arrData[$strClass . ':' . $strDate]) ? intval($arrData[$strClass . ':' . $strDate]) : 0;
  }

  $arrSeriesData[] = $tempArr;
}


$response = ['categories' => $arrDates, 'series' => $arrSeriesData];

echo json_encode($response);

Output:
{"categories":["2019-02-07","2019-02-08","2019-02-09","2019-02-12","2019-02-13","2019-02-14"],"series":[{"name":"class 1","data":[45,0,166,78,0,0]},{"name":"class 2","data":[0,64,0,64,627,0]},{"name":"class 3","data":[0,0,0,0,87,352]}]}

Actualice su código javascript para reflejar lo anterior

$(document).ready(function() {
    $(function() {
        $.getJSON('data.php', function(data) {
            // Create the chart
            Highcharts.chart('container', {
                title: {
                    text: 'class Marks'
                },

                xAxis: {
                    categories: data.categories
                },
                series: data.series,

            });
        });
    });
});