Consulte las respuestas a esta pregunta para leer líneas de archivo y dividirlas en fragmentos. Sé que la pregunta dice Groovy:pero la mayoría de las respuestas son Java. Luego inserte los valores que recuperó a través de JDBC.
En realidad, dado que su archivo de datos es obviamente CSV, también podría usar una biblioteca CSV como OpenCSV para leer los valores.