Estás llamando a paginate() en un objeto de consulta proporcionado por SQLAlchemy, pero la funcionalidad de paginación solo está disponible desde Flask-SQLAlchemy, que subclasifica el objeto de consulta base para agregar esta y otras características, incluido el get_or_404() y first_or_404() métodos que también encontró que no funcionan.
Todo esto sucede porque creó su base de datos y su modelo usando SQLAlchemy directamente en lugar de usar las instalaciones provistas por Flask-SQLAlchemy. Si hace esto de acuerdo con Flask-documentación de SQLAlchemy encontrará que todo funcionará bien.
