¿Es posible usar un objeto Array como parámetro en la anotación @Query de Spring Repository?

Use una colección en lugar de una matriz (Set<String> ) y asegúrese de que no esté vacío (de lo contrario, la consulta no será válida).

Además, no hay razón para usar una consulta nativa para eso, y no debería tener paréntesis alrededor del parámetro:

@Query("SELECT l1 FROM Location l1 WHERE l1.node.id IN :ids")
List<Location> findLocationsByNodeIds(@Param("ids") Set<String> ids);