Consulte estas preguntas frecuentes que describen cómo resolver este problema:http://faq.webyog.com/content/23/15/en/error-no-2003-can_t-connect.html
Error No. 2003:No se puede conectar al servidor MySQL en 'localhost' (o algún otro host)
simplemente significa que la conexión no es posible por uno de los siguientes motivos (o similares):
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No hay un servidor MySQL ejecutándose en el host especificado
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No se permite la conexión al servidor MySQL usando TCP-IP. Verifique la configuración 'skip-networking' en el archivo de configuración de MySQL (my.ini en Windows, my.cnf en Unix/Linux). Se comentará como '#skip-networking'. Si no está comentado, hágalo y reinicie el servidor MySQL para que el cambio surta efecto. SQLyog necesita conectarse usando TCP-IP.
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Algún problema de red impide la conexión. Podría ser una configuración incorrecta de la red o un problema de firewall.
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Cuando intenta conectarse a un servidor MySQL en un ISP, este mensaje de error a menudo indica que se ha bloqueado la conexión directa a MySQL. A continuación, debe utilizar túneles HTTP o túneles SSH para conectarse.