Respuesta adicional:revisé el código fuente de sqlYog.
Es una feature :si la configuración de tiempo de espera > 28800 , está codificado para cambiar el tiempo de espera de la sesión a 28800 en CommonHelper.cpp .
3314 //Session wait_timeout3315 timeout = conn->m_strwaittimeout.GetAsUInt32();
3316
3317 if(timeout > 28800 || timeout <= 0)
3318 conn->m_strwaittimeout.SetAs("28800");
3319
3320 strtimeout.Sprintf("/*!40101 set @@session.wait_timeout=%s */", conn->m_strwaittimeout.GetString());
3321 mysql_options(*pmysql, MYSQL_INIT_COMMAND, strtimeout.GetString());
Esto explica lo que estás viendo.
