Cambiar php.ini cambiará la duración de la sesión para todos los sitios web que se ejecutan en el servidor. Para cambiarlo solo para PhpMyAdmin, abra config.inc.php
y agrega:
$sessionDuration = 60*60*24*7; // 60*60*24*7 = one week
ini_set('session.gc_maxlifetime', $sessionDuration);
$cfg['LoginCookieValidity'] = $sessionDuration;