Si está utilizando WHM/Cpanel, entonces para cambiar ese límite "Max:50MiB" en la sección de importación de phpmyadmin, tendrá que cambiar dos valores en WHM (Web Host Manager).
Paso 1) Vaya a la configuración de Tweak, busque "cPanel PHP Max upload size" y cámbielo según sus necesidades. Guardar cambios.
Paso 2) Vaya a la configuración de Tweak, busque el "cPanel PHP Max POST size" y cámbielo según sus necesidades. Guardar cambios.
Regrese a su phpMyadmin. El valor debería haber cambiado.