En mi humilde opinión, la solución más fácil es:
- En phpmyadmin, seleccione la base de datos que desea truncar en la lista de bases de datos (lado izquierdo)
- En la vista principal, desplácese hacia abajo, verá una casilla de verificación "Marcar todo" y junto a ella un cuadro desplegable donde puede seleccionar "Vacío". Listo.