Cambiar una variable de sesión como foreign_key_checks durar sólo por la duración de la sesión. Una vez que abre una nueva conexión, la opción predeterminada es el valor global.
PhpMyAdmin, como toda aplicación PHP, abre una nueva conexión para cada solicitud. Tan pronto como cambie foreign_key_checks , cierra la sesión para la que cambió esa opción y su cambio finaliza.
Si desea cambiar esta opción, deberá ejecutar el cambio como parte del script de importación, de modo que se maneje al comienzo de la conexión que procesa la importación.
Otra posibilidad es cambiarlo con SET GLOBAL ... , pero esto afectará a todas las sesiones, no solo a la que usa para su importación. Además, necesitas el SUPER privilegio para cambiar las opciones globales, y parece que no tiene ese privilegio.
Editar:otra opción es desmarcar "Habilitar comprobaciones de claves foráneas" en la etapa de importación... 
