Es porque xampp usa un alias para señalar http://localhost/phpmyadmin a xampp's phpmyadmin path
Entonces, lo que puede hacer es buscar Alias /phpmyadmin en su httpd.conf y reemplácelo con Alias /xphpmyadmin o incluso Alias /phpmyadmin2 . Si hace esto, no tendrá conflicto con tener un phpmyadmin carpeta en tus webs carpeta.
