Acabo de encontrar la respuesta en este hilo:PHPMyAdmin:el recuento total de registros varía
Parece que agregar un parámetro de configuración en config.inc.php funciona:http://www.kavoir.com/2012/07/make-phpmyadmin-show-exact-number-of-records-for-innodb-tables.html
Simplemente agregue esta línea en config.inc.php:
$cfg['MaxExactCount'] = 2000000;
De modo que cualquier tabla InnoDB con menos de 2000000 filas tendrá un número exacto de filas mostradas.
Haga que este número sea lo suficientemente grande y todas las tablas de InnoDB en su base de datos tendrán un número exacto de filas en la página de la base de datos de phpMyAdmin.
