Cuando crea una nueva columna, se asigna un valor predeterminado (en su caso, será 0), por lo que debe especificar qué valores tendrá (además, puede decirle a la columna que sea autoincremental, y hará el trabajo para usted por las nuevas entradas de filas). Tiene que cambiar todos los valores para que sean diferentes entre ellos, la clave de identificación DEBE ser única
Para cambiar todas sus identificaciones, en mysql puede hacer:
SET @new_id=0;
UPDATE your_table
SET id = @new_id := @new_id + 1
where id = 0
