Dado que ha cambiado el puerto que usa MySQL, debe informar a phpMyAdmin, y a todas sus otras aplicaciones, sobre este cambio.
Para phpMyAdmin, edite o agregue una línea como $cfg['Servers'][$i]['port'] = '3007';
Como está ejecutando dos instancias de MySQL, puede conectarse a ambas desde phpMyAdmin; adaptado del wiki :
<?php
$cfg['blowfish_secret']='0987654321'; //any string of your choice (max. 46 characters)
$i = 0;
$i++; // server 1
$cfg['Servers'][$i]['verbose'] = 'Production server';
$i++; // server 2
$cfg['Servers'][$i]['port'] = '3007';
$cfg['Servers'][$i]['verbose'] = 'Development server';
Por cierto, prefiero la 'cookie' auth_type por varias razones; puede brindar un mejor informe de errores si algo sale mal al conectarse, facilita el cambio entre usuarios y servidores, y no me gusta el cuadro de diálogo modal que presenta mi navegador para la autenticación básica de http. Por supuesto, puedes usar lo que prefieras.
