Finalmente pude encontrar la solución. Descubrí que cuando la basura de la colección de PHP se llena, no hay forma de liberarla. Unset y gc_collect_cycles() tampoco son efectivos. La única forma es usar Function sobre diferentes secciones de códigos. En mi caso, tenía un script grande en un bucle for, así que copié todos mis códigos en una función y en mi bucle llamé a la función. Cada vez que la función se silencia, la memoria se libera. Puede probarlo agregando memory_get_usage() una vez en su función y una vez fuera de la función para ver la diferencia.
