Puede usar esto:http://www.ozerov.de/bigdump/
O
Use este comando para dividir el archivo sql
split -l 5000 ./path/to/mysqldump.sql ./mysqldump/dbpart-
El comando dividir toma un archivo y lo divide en varios archivos. La parte -l 5000 le dice que divida el archivo cada cinco mil líneas. El siguiente bit es la ruta a su archivo, y la siguiente parte es la ruta en la que desea guardar la salida. Los archivos se guardarán con el nombre de archivo que especifique (por ejemplo, "dbpart-") con una combinación de letras alfabéticas adjuntas.
Ahora debería poder importar sus archivos de uno en uno a través de phpMyAdmin sin problemas.
Más información http://www.webmaster-source.com/2011/09/26/how-to-import-a-muy-large-sql-dump-with-phpmyadmin/
