Declaración de actualización de MySQL:'tabla' desconocida en 'lista de campos'

Primero, asegúrese de tener una tabla con ese nombre:

select * from information_schema.tables where table_schema = 'MyDatabase' and table_name = 'user';

'usuario' es una palabra clave reservada, por lo que debe citar el nombre de su tabla con acentos graves.

UPDATE
    MyDatabase.`user`
SET
    MyDatabase.`user`.registeredAt = NOW()
WHERE
    MyDatabase.`user`.id = 3;

Cuando el nombre de su base de datos también necesite comillas, no incluya tanto el nombre de la base de datos como el nombre de la tabla.

Esto está mal:

`databasename.tablename`

Esto es correcto:

`databasename`.`tablename`