excluir campos en $ agregación de búsqueda

En mongodb 3.6 puedes usar la proyección ($project ) dentro de $lookup canalización... Algo como esto

db.User.aggregate([
  { "$match": { "userID":"1" }},
  { "$lookup":{
    "from": "Skill",
    "pipeline": [
      { "$match": { "languageID": "hindiid", "skillID": { "$in": [ "javaid","pythonid" ] }}},
      { "$project": { "_id": 0 }}
    ],
    "as": "skills"
  }}
])