¿Cómo puedo ordenar que los valores nulos se ordenen por última vez en mongodb?

Tal vez pueda usar la agregación y una fecha de finalización artificialmente alta:

c = db.foo.aggregate([
{$project: {
            next_time: 1,
            nlt: { $ifNull: [ "$next_time", new ISODate("9000-01-01") ] }
  }     
}
,
{$sort: { "nlt": 1}}
                  ]);
c.forEach(function(r) { printjson(r); });

Alternativamente, si la mayoría del material tiene valores nulos y no desea lidiar con esos documentos en absoluto, entonces fíltrelos y simplemente $sort el resto:

db.foo.aggregate([
{$match: {"nt": {$exists: true}}}
,
{$sort: { "nt": 1}}
                 ]);