Lo que he visto hacer y lo que uso actualmente son matrices incrustadas con ID de nodo en cada documento.
Así que el documento user1 tiene grupos de propiedades:[id1,id2]
Y el grupo de documentos 1 tiene usuarios de propiedad:[usuario1]. El grupo de documentos 2 también tiene usuarios de propiedad:[usuario1].
De esta forma, obtiene un objeto de grupo y selecciona fácilmente todos los usuarios relacionados, y lo mismo para el usuario.
Esto requiere un poco más de trabajo al crear y actualizar el objeto. Cuando dice que 2 objetos están relacionados, debe actualizar ambos objetos.
También hay un concepto DBReferences en MongoDB y, según su controlador, extraerá los objetos a los que se hace referencia automáticamente al recuperar un documento.
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Database+References#DatabaseReferences-DBRef
