Tal vez su cursor agotó el tiempo de espera en el servidor. Para ver si este es el problema, intente establecer timeout=False`:
for doc in coll.find(timeout=False)
Consulte http://api.mongodb.org/python/1.6/api/pymongo/collection.html#pymongo.collection.Collection.find
Si se trata de un problema de tiempo de espera, una posible solución es establecer el batch_size (s. otras respuestas).
