Puede utilizar una consulta para eliminar todos los documentos coincidentes
var query = {name: 'John'};
db.collection.remove(query);
Sin embargo, tenga cuidado, si la cantidad de documentos coincidentes es alta, su base de datos podría tener menos capacidad de respuesta. A menudo se recomienda eliminar documentos en partes más pequeñas.
Digamos que tiene 100k documentos para eliminar de una colección. Es mejor ejecutar 100 consultas que eliminen 1k documentos cada una que 1 consulta que elimine los 100k documentos.