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MongoDB:extrae varios objetos de una matriz

Usa $in operador para pasar la lista de valores de la facultad para eliminar documentos de la matriz incrustada. Más here

Prueba

db.groups.update(
  {"_id": ObjectId("5a7da1bda21d5f3e8cf005b3")},
  {"$pull":{"group_members":{"faculty_number":{$in:[8025,7323]}}}}
)