Usa $in
operador para pasar la lista de valores de la facultad para eliminar documentos de la matriz incrustada. Más here
Prueba
db.groups.update(
{"_id": ObjectId("5a7da1bda21d5f3e8cf005b3")},
{"$pull":{"group_members":{"faculty_number":{$in:[8025,7323]}}}}
)